Épidémiologie des Coronavirus 229E dans les infections respiratoires

Déclaration de liens d’intérêts: Les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d’intérêts.

Evaluating the serological status of COVID-19 patients using an indirect immunofluorescent assay, France.

An indirect in-house immunofluorescent assay was developed in order to assess the serological status of COVID-19 patients in Marseille, France. Performance of IFA was compared to a commercial ELISA IgG kit. We tested 888 RT-qPCR-confirmed COVID-19 patients (1302 serum samples) and 350 controls including 200 sera collected before the pandemic, 64 sera known to be associated with nonspecific serological interference, 36 sera from non-coronavirus pneumonia and 50 sera from patient with other common coronavirus to elicit false-positive serology. Incorporating an inactivated clinical SARS-CoV-2 isolate as the antigen, the specificity of the assay was measured as 100% for IgA titre ≥ 1:200, 98.6% for IgM titre ≥ 1:200 and 96.3% for IgG titre ≥ 1:100 after testing a series of negative controls. IFA presented substantial agreement (86%) with ELISA EUROIMMUN SARS-CoV-2 IgG kit (Cohen's Kappa = 0.61). The presence of antibodies was then measured at 3% before a 5-day evolution up to 47% after more than 15 days of evolution. We observed that the rates of seropositivity as well as the titre of specific antibodies were both significantly higher in patients with a poor clinical outcome than in patients with a favourable evolution. These data, which have to be integrated into the ongoing understanding of the immunological phase of the infection, suggest that detection anti-SARS-CoV-2 antibodies is useful as a marker associated with COVID-19 severity. The IFA assay reported here is useful for monitoring SARS-CoV-2 exposure at the individual and population levels.

Epidemiologie des infections a coronavirus HCoV-HKU1 a Marseille, France.

Declaration de liens d'interets: Les auteurs declarent ne pas avoir de liens d'interets. Copyright © 2020

Caractéristiques épidémiologiques et cliniques de 136 infections à coronavirus OC43 diagnostiquées dans des hôpitaux universitaires de 2017 à 2019

Introduction Les coronavirus humains OC43 (HCoV-OC43) sont des agents communs, notamment chez les jeunes enfants, d’infections des voies respiratoires hautes et parfois basses. Ils appartiennent au genre Betacoronavirus et sont génétiquement très différents d’autres HCoV incluant les HCoV-229E et -NL63. De plus, il a été décrit que l’épidémiologie et la symptomatologie associées à leurs infections différent de celle des autres HCoV. Depuis 2017, nous réalisons au laboratoire de microbiologie et virologie clinique de notre centre hospitalo-universitaire (CHU) l’identification des HCoVs. Nous décrivons ici les caractéristiques épidémiologiques et cliniques des infections à HCoV-OC43 diagnostiquées au cours des trois dernières années. Matériels et méthodes Les prélèvements respiratoires testés pour la présence du HCoV-OC43 ont été ceux adressés de janvier 2017 à décembre 2019 pour recherche de virus respiratoire au laboratoire de diagnostic microbiologique et virologique de notre CHU. Le diagnostic de HCoV-OC43 a été réalisé par PCR en temps réel avec les trousses FTD Respiratory pathogens 21 (Fast Track Diagnosis, Luxembourg) ou Biofire Filmarray Respiratory panel 2 plus (Biomérieux, France). Résultats Un total de 16 357 prélèvements respiratoires de 11 976 patients ont été testés au cours de la période de l’étude (3 ans). Un HCoV a été détecté dans 554 prélèvements (3,4 %) obtenus de 483 patients (4 %). HCoV-OC43 a été détecté dans 157 prélèvements (1,0 % ;29 % de ceux HCoV-positifs) de 136 patients (1,1 % ;28 % des patients HCoV-positifs) : 66 femmes et 70 hommes (sex-ratio H :F=1,1). L’âge moyen des patients HCoV-OC43-positifs était de 36±34 ans (min.–max. : 0–97 ans) avec respectivement 26 (19 %), 26 (19 %), 7 (5 %), 4 (3 %), 9 (7 %), 23 (17 %), 17 (12 %) et 24 (18 %) patients de<1, 1–5, 5–15, 15–25, 25–45, 45–65, 65–75 et>75 ans. Deux pics d’incidence ont été observés en octobre 2017 lorsqu’ils ont représenté 83 % des infections à HCoV et en septembre-octobre 2018 (81 %). Douze patients HCoV-OC43-positifs (9 %) ont été admis en réanimation. Trois (2,2 %) sont décédés : une femme de 95 ans institutionnalisée ayant présenté une pneumopathie sans co-infection, un nourrisson de 10 mois ayant présenté hypoxie d’étiologie inconnue, et un homme de 77 ans ayant présenté une pneumopathie sur cancer pulmonaire et co-infecté par Streptococcus pneumoniae. Conclusion Cette large série de cas montre que les HCoV-OC43 sont dans notre CHU une cause non négligeable d’infections respiratoires touchant particulièrement les âges extrêmes et pour lesquelles il n’existe pas actuellement de médicament actif approuvé. Ces résultats justifient d’inclure systématiquement dans le diagnostic des infections respiratoires le dépistage et l’identification des HCoV-OC43 qui restent des virus négligés. Ceci permettra de mieux caractériser l’épidémiologie, la symptomatologie, les co-infections et la mortalité associés à leurs infections.

Clinical efficacy of chloroquine derivatives in COVID-19 infection: comparative meta-analysis between the big data and the real world.

In the context of the current coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, we conducted a meta-analysis on the effects of chloroquine derivatives in patients, based on unpublished and published reports available publicly on the internet as of 27 May 2020. The keywords 'hydroxychloroquine', 'chloroquine', 'coronavirus', 'COVID-19' and 'SARS-Cov-2' were used in the PubMed, Google Scholar and Google search engines without any restrictions as to date or language. Twenty studies were identified involving 105 040 patients (19 270 treated patients) from nine countries (Brazil, China, France, Iran, Saudi Arabia, South Korea, Spain and the USA). Big data observational studies were associated with conflict of interest, lack of treatment dosage and duration, and absence of favourable outcome. Clinical studies were associated with favourable outcomes and details on therapy. Among clinical studies, three of four randomized controlled trials reported a significant favourable effect. Among clinical studies, a significant favourable summary effect was observed for duration of cough (OR 0.19, p 0.00003), duration of fever (OR 0.11, p 0.039), clinical cure (OR 0.21, p 0.0495), death (OR 0.32, p 4.1 × 10-6) and viral shedding (OR 0.43, p 0.031). A trend for a favourable effect was noted for the outcome 'death and/or intensive care unit transfer' (OR 0.29, p 0.069) with a point estimate remarkably similar to that observed for death (∼0.3). In conclusion, a meta-analysis of publicly available clinical reports demonstrates that chloroquine derivatives are effective to improve clinical and virological outcomes, but, more importantly, they reduce mortality by a factor of 3 in patients with COVID-19. Big data are lacking basic treatment definitions and are linked to conflict of interest. The retraction of the only big data study associated with a significantly deleterious effect the day after (June 5, 2020) the acceptance of the present work (June 4, 2020) confirms the relevance of this work.